Способ, о которым Вы говорите, называется «inplace upgrade», использующийся во многих продуктах компании Микрософт. В новых версиях Exchange Server изменяется архитектура базы сообщений, а также базы сообщений занимают много места на дисках. Inplace upgrade потребует обновления файлов базы сообщений, которое приведет к длительным простоям, что в большинстве систем просто невозможно.
Новая версия Exchange Server всегда устанавливается в существующую организацию Exchange на отдельный сервер, тщательно тестируется и только потом переносятся почтовые ящики со старой системы, например Exchange Server 2007 на Exchange Server 2010. Так всегда было и будет.
Поддержка виртуализации в Exchange Server значительно облегчает процесс миграции.